In der fürstlichen Amtmannswohnung des Burgschlosses Königsberg am 5. Juli 1673 geboren, lebte Friedrich Heinrich von Seckendorff nach dem frühen Tode seines Vaters zunächst in Obernzenn.
Nach dem Studium an den Universitäten Jena, Leipzig und Leyden in Holland trat er 1694 als Cornet in das Gothaische Kürassierregiment ein. Damit begann seine militärische und staatsmännische Laufbahn, die ihn durch Kriegskunst und Diplomatie zu höchsten Ehren führte: 1719 erhob ihn Kaiser Karl VI. in den Stand der Reichsgrafen, 1732 folgte der Ritterschlag zum Johanniter, 1732 wurde ihm der dänische Elefantenorden verliehen.
Seckendorff kämpfte 1698 unter Prinz Eugen von Savoyen im Türkenkrieg, focht an der Spitze seines Ansbacher Dragonerregiments im spanischen Erbfolgekrieg, besiegte 1717 als kaiserlicher Feldmarschalleutnant die Türken bei Semlin vor Belgrad, rückte 1735 als Reichsgeneral der Kavallerie mit 30.000 Mann über den Hunsrück und schlug die Franzosen unter Marschall Coigny entscheidend bei Clausen. Dadurch wurden die Kriegsgegner geneigt, Verhandlungen aufzunehmen, die 1738 zum »Wiener Frieden« führten.
Zwischendurch (ab 1726) war er kaiserlicher Gesandter am preußischen Hof in Berlin, brachte die Verlobung des Kronprinzen Friedrich, des späteren Königs Friedrich des Großen, mit Prinzessin Elisabeth Christine von Braunschweig-Bevern zustande, erwirkte als Diplomat die Anerkennung der »Pragmatischen Sanktion« und sicherte damit für Österreich die Erbfolge durch weibliche Nachkommen.
Im neu ausbrechenden Türkenkrieg wurde Seckendorff auf dringliche Empfehlung des sterbenden Prinzen Eugen 1737 als österreichischer Feldmarschall mit dem Oberbefehl des bei Belgrad stehenden Heeres betraut. Der Türkenfeldzug missglückte, was für seine Gegner in der Armee ein Grund war, ihn anzuklagen und seine Festungshaft in Graz durchzusetzen.
Kaiserin Maria Theresia gab ihn jedoch sofort frei, als sie 1740 aufgrund der »Pragmatischen Sanktion« den Thron von Österreich, Ungarn und Böhmen bestieg. Seckendorff trat in bayerische Dienste und wurde 1742 Oberbefehlshaber des gesamten bayerischen Heeres. Österreichische Truppen standen im Erbfolgekrieg vor München. Seckendorff befreite die belagerte Hauptstadt Bayerns und warf, nach einigem Hin und Her, die Österreicher 1744 nach Böhmen zurück. Trotz dieses militärischen Erfolges konnten die Erbansprüche Bayerns gegenüber Österreich letztlich nicht durchgesetzt werden. Nach dem Tode von Kaiser Karl VII. wirkte der Feldmarschall 1745 im Frieden zu Füssen an der Versöhnung zwischen Österreich und Bayern entscheidend mit und wurde von Kaiser Franz I., dem Gemahl von Maria Theresia, in allen seinen Ehren bestätigt.
Inzwischen war Seckendorff über 70 Jahre alt geworden. Er lebte auf seinem Gut Meuselwitz bei Altenburg in Sachsen. Noch einmal wurde er hineingezogen in das politische Geschehen, als er 1758 auf Befehl Friedrich des Großen verhaftet und auf die Zitadelle nach Magdeburg gebracht wurde.
Man warf ihm einen Briefwechsel mit Österreich zum Schaden Preußens vor. Es war die Zeit des Siebenjährigen Krieges und möglicherweise hatte der alte Reichsgraf seinem bisherigen Handwerk nicht ganz entsagen können. Sicher ist, dass ihn der »alte Fritz« zeitlebens nicht mochte. Ob es wegen der Brautvermittlung war? Bekanntlich führte Friedrich der Große keine glückliche Ehe.
Nach halbjähriger Inhaftierung konnte Seckendorff jedenfalls gegen ein Lösegeld von 10 000 Talern und im Austausch gegen den von den Österreichern bei Holzkirch gefangengenommenen Feldmarschall Prinz Moritz von Dessau auf sein Stammschloss zurückkehren.
Bis ins späte Alter besuchte Seckendorff hin und wieder seine Geburtsstadt Königsberg. Der Grabstein seines Vaters ist im Altarraum der Marienkirche aufgestellt.
Reichsgraf von Seckendorff, eine bedeutende Gestalt der deutschen Geschichte, starb am 23. November 1763 in Meuselwitz.